L'École Nationale d'Ingénieurs de Sfax délivre le diplôme de mastère dans les spécialités suivantes :
- Commande Automatique et Informatique Industrielle
- Conversion Electrique et Energies Renouvelables
- Electronique
- Génie Biologique
- Génie de l’Environnement et de l’Aménagement
- Matériaux et Surfaces
- Mécanique et Ingénierie
- Nouvelles Technologies de l'Information et Systèmes Dédiés
Et le diplôme de mastère professionnel dans les spécialités suivantes :
- Génie Logistique & Technologies de l'Information et de la Communication
- Management de l'Ingénierie
- Technologies de l'Information et du Commerce Electronique